A infraestrutura do PPGCF da Uniso é constituída por diversos laboratórios e distribuída em suas duas linhas de pesquisa. Especificamente, os seguintes laboratórios estão constituídos para pesquisas em nível de pós-graduação:

Centro de Referência e Informação sobre Antibióticos (CRIA)
Laboratório de Pesquisa Toxicológica (Lapetox)
Laboratório de Física Nuclear Aplicada da Uniso (LAFINAU)
Laboratório de Biomateriais e Nanotecnologia da Uniso (LaBNUS)
Laboratório de Desenvolvimento e Avaliação de Substâncias Bioativas (LDASB)
Laboratório de Desenvolvimento e Produção de Fórmulas Farmacêuticas Sólidas e Plásticas

Esses laboratórios contam com diversos recursos, entre os quais, encontram-se disponíveis alguns equipamentos multiusuários, adquiridos com apoio da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.