O Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu em Ciências Farmacêuticas (PPGCF) da Uniso foi idealizado como uma das metas da Política de Pós-Graduação incluídas no Plano de Desenvolvimento Institucional (PDI 2004-2008), o qual foi aprovado em 16 de fevereiro de 2004, pelo Conselho Universitário (Consu) da Uniso. Neste sentido, em 28 de março de 2005, o Consu aprovou a criação do Programa de Pós-Graduação Stricto Sensu, na área de Farmácia.

O PPGCF foi concebido de forma a integrar a inovação tecnológica com a Área da Saúde, bem como discutir e avaliar políticas, programas e serviços de saúde, tendo como Área de Concentração "Medicamentos e Saúde", contemplando duas Linhas de Pesquisa: "Uso Racional de Medicamentos" e "Desenvolvimento e Avaliação de Substâncias Bioativas".

Com o formato assim delineado, a proposta foi enviada em março de 2007, recomendada pela Capes em dezembro de 2007 e teve início em fevereiro de 2008.